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Os municípios onde a UEMA possui campus são: Bacabal, Balsas, Barra do Corda, Caxias, Codó, Coelho Neto, Colinas, Coroatá, Grajaú, Itapecuru-Mirim, Lago da Pedra, Pedreiras, Pinheiro, Presidente Dutra, Santa Inês, São Bento, São João dos Patos, São Luís, Timon e Zé Doca.
A Universidade Estadual do Maranhão – UEMA possui campus em 20 municípios do estado do Maranhão, possuindo polos EAD e de programas especiais em mais 62 municípios, totalizando a distribuição em 82 municípios maranhenses em 2024.
Os municípios onde a UEMA possui campus são: Bacabal, Balsas, Barra do Corda, Caxias, Codó, Coelho Neto, Colinas, Coroatá, Grajaú, Itapecuru-Mirim, Lago da Pedra, Pedreiras, Pinheiro, Presidente Dutra, Santa Inês, São Bento, São João dos Patos, São Luís, Timon e Zé Doca.
No Campus São Luís, cuja sede administrativa está situada na Cidade Universitária Paulo VI, a UEMA possui 5 Centros de Ciências: Centro de Educação, Ciências Exatas e Naturais (CECEN), Centro de Ciências Tecnológicas (CCT), Centro de Ciências Sociais Aplicadas (CCSA), Centro de Ciências Agrárias (CCA) e Centro de Ciências da Saúde (CCS).
Ainda em São Luís, a Universidade possui os cursos de Arquitetura, Direito, História, Música e Relações Internacionais funcionando em imóveis próprios situados fora da Cidade Universitária Paulo VI, sendo todos no Centro Histórico da capital.
Em Caxias-MA, os cursos de Enfermagem e Medicina funcionam fora da sede administrativa, em imóvel próprio situado no Centro da cidade.
Em relação à educação a distância (EAD), a UEMA está presente em 58 municípios onde possuía cursos EAD em polos coordenados pelo Núcleo de Tecnologias para Educação – UEMAnet, sendo eles: Açailândia, Água Doce do Maranhão, Alcântara, Alto Alegre do Pindaré, Alto Parnaíba, Anapurus, Apicum-Açu, Arari, Axixá, Bacabal, Bacabeira, Balsas, Barra do Corda, Barreirinhas, Bequimão, Bom Jesus das Selvas, Buriticupu, Cândido Mendes, Cantanhede, Carolina, Carutapera, Caxias, Codó, Coelho Neto, Colinas, Coroatá, Dom Pedro, Fortaleza dos Nogueiras, Grajaú, Humberto de Campos, Imperatriz, Itapecuru Mirim, Lago da Pedra, Loreto, Nina Rodrigues, Nova Olinda do Maranhão, Paraibano, Parnarama, Pedreiras, Penalva, Pinheiro, Pio XII, Porto Franco, Presidente Dutra, Presidente Sarney, Santa Inês, Santa Quitéria do Maranhão, São Bento, São Domingos do Azeitão, São Domingos do Maranhão, São Luís, Timbiras, Timon, Tuntum, Turiaçu, Viana, Vitorino Freire e Zé Doca.
Os Programas Especiais da UEMA oferecem cursos superiores em campus ou polos no em sua maioria no interior do Estado, com exceção do Curso Superior em Energias Renováveis do PROFITEC que funciona na capital, tendo aulas presenciais ministradas aos finais de semana, como o Programa Formação de Professores – ENSINAR, que possui cursos exclusivamente de licenciatura, o Programa Especial de Formação de Docentes para a Diversidade Étnica – PROETNOS, que apresenta como objetivo formar e qualificar professores oriundos das comunidades e povos tradicionais do Maranhão e o Programa Especial de Cursos Superiores de Tecnologia – PROFITEC, que oferece Cursos Superiores de Tecnologia. Todos eles possuem entrada por meio de seletivo especial operacionalizado pela Superintendência de Concursos e Seletivos – SUCONS/UEMA.
O PROFITEC está presente em 12 cidades: Bacabal, Balsas, Barra do Corda, Caxias, Codó, Coroatá, Grajaú, Itapecuru Mirim, Santa Inês, São Bento, São Luís e Timon.
O PROETNOS está presente em 05 cidades: Barra do Corda, Grajaú, Itapecuru Mirim, Santa Inês e São Bento.
O ENSINAR esteve presente em 50 cidades: Água doce do Maranhão, Alcântara, Alto Alegre do Pindaré, Anajatuba, Anapurus, Apicum-Açu, Araioses, Arari, Axixá, Barra do Corda, Barreirinhas, Brejo, Buriti, Buriticupu, Carutapera, Cedral, Chapadinha, Codó, Coelho Neto, Colinas, Coroatá, Governador Nunes Freire, Grajaú, Icatu, Itapecuru Mirim, Loreto, Magalhães de Almeida, Mata Roma, Nova Olinda do Maranhão, Paraibano, Parnarama, Pastos Bons, Paulino Neves, Pedro do Rosário, Pirapemas, Presidente Dutra, Presidente Médici, Presidente Sarney, Santa Inês, Santa luzia, Santa luzia do Paruá, Santa Quitéria do Maranhão, Santa Rita, Santana do Maranhão, São Bento, São Bernardo, São Mateus do Maranhão, São Raimundo das Mangabeiras, Turiaçu e Viana.
Possui, ainda, 25 Programas de Pós-Graduação (Stricto Sensu) com mestrados e doutorados em dois municípios: Caxias e São Luís.
A UEMA é uma das universidades públicas de maior capilaridade do Estado, tendo presença em 36% das cidades maranhenses, atendendo alunos oriundos de 78% dos municípios do estado em 2022, tendo assim uma contribuição significativa no desenvolvimento social e econômico da região.