Os Programas Especiais da UEMA oferecem cursos superiores em sua maioria em campus ou polos no interior do Estado, tendo aulas presenciais ministradas aos finais de semana, como o Programa Formação de Professores – ENSINAR, que possui cursos exclusivamente de licenciatura, o Programa Especial de Formação de Docentes para a Diversidade Étnica – PROETNOS, que apresenta como objetivo formar e qualificar professores oriundos das comunidades e povos tradicionais do Maranhão e o Programa Especial de Cursos Superiores de Tecnologia – PROFITEC, que oferece Cursos Superiores de Tecnologia. Todos eles possuem entrada por meio de seletivo especial operacionalizado pela Superintendência de Concursos e Seletivos – SUCONS/UEMA.