Os Programas Especiais da UEMA oferecem cursos superiores em sua maioria em campus ou polos no interior do Estado, tendo aulas presenciais ministradas aos finais de semana, como o Programa Formação de Professores – ENSINAR, que possui cursos exclusivamente de licenciatura, o Programa Especial de Formação de Docentes para a Diversidade Étnica – PROETNOS, que apresenta como objetivo formar e qualificar professores oriundos das comunidades e povos tradicionais do Maranhão, o Programa Especial de Cursos Superiores de Tecnologia – PROFITEC, que oferece Cursos Superiores de Tecnologia e o Programa Nacional de Educação na Reforma Agrária – PRONERA que que leva educação técnica e superior às populações do campo, especialmente assentados da reforma agrária, promovendo inclusão social, cidadania e desenvolvimento rural sustentável.